染色质免疫共沉淀技术也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质和DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究.

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目前aCGH已经广泛应用于研究肿瘤发生过程中伴随的基因变化，如染色体的畸变等； 通过研究基因拷贝数目的变化，寻找新的原癌基因或抑癌基因； 揭示生物体抗药性的机制及代谢过程中可能发生的基因组变化

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